De Vlaamse waterlopen zijn ingedeeld in verschillende categorieën.
Een eerste onderscheid wordt gemaakt tussen de bevaarbare en de onbevaarbare waterlopen.
De bevaarbare waterlopen omvatten de kanalen, de rivieren en de waterlopen die bevaarbaar zijn. Zij zijn doorgaans van groot economisch belang voor de scheepvaart, vervullen een belangrijke ecologische rol en staan in voor de afvoer van het oppervlaktewater van een groot gebied.
Rivieren zoals de Schelde en de Maas zijn bevaarbare waterlopen. De Vlaamse overheid staat in voor het beheer ervan.
De overige waterlopen, waarop dus geen scheepvaart mogelijk is, zijn de onbevaarbare waterlopen. Zij worden op hun beurt opgesplitst in geklasseerde en niet geklasseerde waterlopen.